Op de benedenverdieping, in contact met de bodem, kan de vloer van een vakwerkgebouw bestaan uit natuursteen, baksteen of aarde. Op de hogere verdiepingen kan dat ook in hout. Goedkoper dan tegelvloeren zijn de lemen vloeren, die in heel wat boerderijtjes en zeker in schuren gebruikelijk waren. Een lemen vloer is niet zomaar wat aangestampte leem, om die goed aan te leggen komt er wel wat kennis bij kijken.